Генпрокуратура возбудила уголовные дела против руководства трех дочерних компаний «Русснефти» — «Аганнефтегазгеология», «Нафта-Ульяновск» и «Ульяновскнефть» (ведут разработку нефтяных месторождений в Ханты-Мансийском АО и Ульяновской области) по факту незаконного предпринимательства и сверхлимитной добычи нефти.
Прокуроры считают, что «Аганнефтегазгеология» в нарушение требования закона «О недрах» в 2003—2004 годах (то есть до приобретения предприятия «Русснефтью») занималось добычей нефти с газовым конденсатом сверх лимитов, установленных лицензионными соглашениями. Доход, полученный от реализации, Генпрокуратура оценила почти в 5 млрд. рублей. Аналогичные нарушения инкриминируются двум другим предприятиям — доход ЗАО «Нафта-Ульяновск», по мнению прокуроров, составил почти 700 млн. рублей, а ОАО «Ульяновскнефть» — около 2 млрд. рублей.
В «Русснефти» с выводами прокуроров категорически не согласны. Компания утверждает: они обусловлены некорректным методом подсчета. По мнению компании, из-за неправильного расчета дохода, полученного от реализации нефти, прокуратура завысила фактический доход в 28 раз. Эксперты же считают претензии прокуроров первой ласточкой: спокойная жизнь для «Русснефти», как и для других частных российских нефтяных компаний, закончилась.