Зарождение органов предварительного следствия России произошло в первой четверти XVIII в. В ходе проводимой Петром I судебной реформы была реализована идея создания следственного ведомства, организационно и функционально независимого от иных органов государственной власти, а также произошло разделение уголовного процесса на стадии предварительного расследования и судебного разбирательства. Указанные преобразования явились необходимостью скорейшего рассмотрения дел, возбужденных в отношении высокопоставленных должностных лиц по обвинению в совершении преступлений против интересов службы.

Датой создания первого специализированного следственного органа России является 25 июля 1713 г. В этот день Петр I именным указом учредил следственную канцелярию под руководством офицера лейб-гвардии Семеновского полка майора Михаила Ивановича Волконского.

В 1714-1715 гг. были учреждены еще три следственные канцелярии во главе с гвардейскими офицерами Долгоруковым В.В., Плещеевым И.Н. и Чебышовым И.С. Каждая из них производила следствие по фиксированному кругу уголовных дел, главным образом возбужденных фискальной службой.

Так, следственная канцелярия гвардии майора князя Василия Долгорукова в 1714-1715 гг. расследовала «подрядную аферу» – многоэпизодное уголовное дело по обвинению ряда высокопоставленных должностных лиц в организации фальшивых подрядов. Незамысловатый механизм аферы заключался в том, что группа правительственных деятелей, установив завышенные цены на поставку в Санкт-Петербург и армию провианта и фуража, сама и осуществляла через подставных лиц эти поставки. Колоссальные переплаты бюджетных сумм шли в карманы предприимчивых махинаторов.

В результате сенаторы князь Волконский Г.И. (родной брат Михаила Волконского) и Апухтин В.А. в апреле 1715 г. были приговорены к смертной казни с конфискацией имущества, замененной на прижигание им языков (за нарушение присяги на верность государственной службе), а Санкт-Петербургский вице-губернатор Римский-Корсаков Я.Н. (не приведенный к присяге) – к наказанию кнутом. Самый высокопоставленный фигурант дела «полудержавный властелин» Меншиков А.Д. отделался выплатой внушительного штрафа.

Сочтя опыт деятельности первых «майорских» канцелярий в целом успешным, Петр I пришел к мнению о необходимости образовать систему подобных органов следствия. 9 декабря 1717 г. были созданы сразу 6 «майорских» следственных канцелярий, во главе которых находились Волков М.Я., Голицын П.М., Дмитриев-Мамонов И.И., Салтыков С.А., Юсупов Г.Д., а также Кошелев Г.И. и Воронов Ф.Д. Эти канцелярии получили в производство уголовные дела по обвинению 14 высших должностных лиц в преступлениях против интересов службы.

С учетом статуса должностных лиц «майорских» канцелярий, привлекавшийся к ведению следствия, можно заключить, что созданный Петром I специализированный аппарат следствия является и первым прототипом современных военных следственных органов.

Надежды Петра I на то, что укомплектованные гвардейскими офицерами следственные органы станут могущественными и независимыми, оправдались. Современники отмечают, что даже Сенат не осмеливался вмешиваться в деятельность «майорской» канцелярии.

Под следствием названных канцелярий по обвинениям в преступлениях против интересов службы в 1713-1726 гг. оказались 12 из 30 российских губернаторов первой четверти XVIII в. (40 % состава губернаторского корпуса), а также 11 из 23 сенаторов (48 %состава). Расследованные «майорскими» канцеляриями дела поступали затем на судебное рассмотрение в Правительствующий Сенат, военные суды либо особое военно-судебное присутствие.

Непосредственная подчиненность главе государства и независимость от иных высших органов государственной власти позволили обеспечить объективность и беспристрастность «майорских» следственных канцелярий при осуществлении уголовного преследования должностных лиц.

Таким образом, при Петре I впервые была сформирована концепция вневедомственного предварительного следствия, в соответствии с которой следственный аппарат рассматривался как правоохранительное ведомство, специализирующееся исключительно на расследовании наиболее опасных преступлений, посягающих на интересы государства, и наделенное в связи с этим широкими процессуальными полномочиями, самостоятельностью и организационной независимостью от других органов государственной власти.

Вместе с тем после смерти Петра I учрежденные им независимые следственные органы упразднили, а концепция вневедомственной модели организации следственных органов была надолго забыта.

После ликвидации в 1723-1726 гг. «майорских» следственных канцелярий постоянно действующий специализированный следственный аппарат прекратил существование.

Во второй четверти XVIII в. – начале XIX в. расследованием преступлений занимались судебные и административные органы (Главная полицмейстерская канцелярия, Сыскной приказ, нижние земские суды и основанные в 1782 году управы благочиния).

Постепенно на высшем государственном уровне сложилось понимание необходимости принятия мер по восстановлению специализированного следственного аппарата. Первой из них стало учреждение Указом Александра I от 29 августа 1808 г. должности следственных приставов, обязанных заниматься исключительно производством уголовных расследований. Они были включены в штат полиции, входившей в систему Министерства внутренних дел.

Следующим знаковым событием в истории предварительного следствия стало издание Свода законов 1832 г. (вступил в силу с 1 января 1835 г. в соответствии с манифестом от 31 января 1833 г., подписанным Николаем I). Согласно его положениям досудебное следствие было разделено на две стадии: следствие предварительное (которое позднее стало именоваться «дознанием») и формальное (впоследствии – «предварительное»). Порядок осуществления предварительного следствия регламентировался в разделе 2 части 2 тома 15 «О предварительном следствии» (статьи 791-881), порядок формального следствия – в разделе 3 той же части «О формальном следствии» (статьи 882-1006). Однако законодатель, впервые детально закрепив в Своде законов 1832 г. процессуальную сторону деятельности следственного аппарата России, не внес какие-либо изменения в его организацию.

Уже в начале XIX века обнаружились недостатки административной модели следственного аппарата. Организационная подчиненность следственной службы руководству Министерства внутренних дел и связанная с этим незаинтересованность ведомства в уголовном преследовании должностных лиц органов государственной власти обусловили значительный рост коррупции и, как следствие, сопутствующих ей видов преступности, в первую очередь – экономической. Стало очевидным, что при такой модели организации следственный аппарат способен эффективно противостоять только общеуголовным преступлениям и не вполне приспособлен для борьбы с опасными посягательствами на основы государственности.

В связи с этим одно из направлений судебной реформы Александра II 1860 г. заключалось в поиске новых форм организации предварительного следствия. В рамках деятельности межведомственной Комиссии для начертания устройства губернских и уездных учреждений, основанной 27 марта 1859 г., было принято решение вывести следственные органы из состава полиции и передать их в организационную структуру судов.

В итоге нормативную основу следственной реформы образовал комплекс законодательных актов, утвержденных Императором Александром II 8 июня 1860 г.: «Учреждение судебных следователей», пространный «Наказ судебным следователям», «Наказ полиции о производстве дознания», а также Именной указ о введении в действие названных актов. В качестве цели реформы в Именном указе провозглашалась задача «отделить от полиции вообще производство следствий по преступлениям». В ходе этой реформы в 44 губерниях были введены 993 должности судебных следователей, включенных в штаты уездных судов. Несмотря на то, что новоявленные следователи остались в организационной зависимости от региональных органов общего управления (назначались министром юстиции по представлению губернатора, им же распределялись и перемещались по участкам), реформа 1860 г. означала решительный поворот к воссозданию судебной модели построения органов предварительного расследования. Окончательное формирование данной модели произошло с утверждением Судебных Уставов от 20 ноября 1864 г.

В это же время аналогично судебной модели организован институт военных следователей. Согласно положениям Военно-судебного устава от 15 мая 1867 г. военные следователи состояли при военно-окружных судах, назначаясь на должность Высочайшим приказом императора. Военные следователи считались членами военно-окружного суда и распределялись по решению командующего войсками в округе по разным местам расположения войск. В соответствии со статьей 401 названного устава устанавливались случаи, в которых военные следователи проводили предварительное следствие.

Развитие следственного аппарата в постреформенные годы шло прежде всего в направлении дифференциации следственных должностей. Исходя из требований практики 24 октября 1867 г. были учреждены временные должности следователей по особо важным делам при Санкт-Петербургском и Московском окружных судах (таким следователям поручалось осуществлять деятельность на всей территории судебного округа, не ограничиваясь следственным участком). С мая 1870 г. в штатах окружных судов появились следователи по важнейшим делам, а 1 ноября 1875 г. упомянутые столичные следователи по особо важным делам получили постоянный статус.

Произошедшее в 1917 году крушение монархической государственности поначалу никак не отразилось на положении следственного аппарата. Ликвидировав Отдельный корпус жандармов, Департамент полиции и некоторые другие правоохранительные структуры, Временное правительство не тронуло ни прежнюю судебную систему в целом, ни судебных и военных следователей в частности.

В советское время развитие следственного аппарата происходило исключительно путем перераспределения функции предварительного следствия между прокуратурой и органами внутренних дел.

В 2007 году стали возможными кардинальные изменения по восстановлению петровской вневедомственной модели организации следствия.

На основании Указа Президента Российской Федерации от 1 августа 2007 г. № 1004 «Вопросы  Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации» в целях совершенствования государственного управления в сфере исполнения законодательства об уголовном судопроизводстве 7 сентября 2007 г. было учреждено фактически самостоятельное ведомство – Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации), которому передавались полномочия надзорного органа в части, касающейся возбуждения и расследования уголовных дел.

Второй этап реформирования современного предварительного следствия начался со вступления в силу 15 января 2011 г. Федерального закона от 28 декабря 2010 г. № 403-ФЗ «О Следственном комитете Российской Федерации». Следственный комитет Российской Федерации был выведен из состава прокуратуры и преобразован в самостоятельный федеральный государственный орган, не входящий ни в одну из ветвей государственной власти.

Федеральным законом установлено, что руководство деятельностью Следственного комитета осуществляется Президентом Российской Федерации. Указом Президента Российской Федерации от 14 января 2011 г. № 38 утверждено Положение о Следственном комитете Российской Федерации. Председатель Следственного комитета Российской Федерации назначается и освобождается от должности Президентом Российской Федерации.

Фактически была восстановлена петровская вневедомственная модель организации следствия.

Военные следственные органы согласно Федеральному закону осуществляют полномочия в сфере уголовного судопроизводства в Вооруженных Силах Российской Федерации, других войсках, воинских формированиях и органах, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба.